Santanyí ist eine Landstadt im Südosten der comarca (Landschaftszone) Migjorn, in der am 1. Januar 2008 etwa 3.400 Menschen lebten. Sie ist der Verwaltungssitz der municipi (Gemeinde) Santanyí.
Bereits während der Römischen Zeit (123 v. Chr. bis 465) war das Gebiet besiedelt.
Die aufgefundenen Keramiken deuten nicht nur auf eine römische Villa im Bereich des heutigen camí de Son Cosme Pons hin. Sie lassen vielmehr auch die Stationierung von zwei Zenturien im Gebiet des heutigen possessió (Besitztum) de Son Danús und des heutigen Calonge vermuten.
Auch während der Arabischen Zeit (902 bis 1229) war die Ansiedlung unter dem Namen „Adeia“ bekannt. Eine Moschee wurde in s‘Alqueria Blanca entdeckt! Die arabische Geschichte lassen einige Ortsnamen bis heute erkennen, so zum Beispiel die cala de s’Almunia.
Bis ins 8. Jahrhundert hatten die Araber ein südlich des Mittelmeers vom heutigen Spanien bis zum heutigen Iran reichendes Imperium errichtet. Nachdem sie sich 707 erstmals gegen Mallorca gewandt hatten, gelang den Arabern letztendlich 902 die Eroberung der Insel, die sie als Teil der „Östlichen Inseln von al-Andalus“ ins Osmanische Reich eingliederten. Während der Reconquista (722 bis 1492) fielen die nordspanischen Herrscher in die von den Arabern besetzten Gebiete der Iberischen Halbinsel ein, um die arabischen Besatzer zurückzudrängen. Eine vom aragonesischen König Chaime I dem Eroberer (1213 bis 1276), dem späteren mallorquinischen König Jaume I dem Eroberer (1230 bis 1276), geführte Flotte landete 1229 auf Mallorca und befreit die Insel bis 1232 vollständig vom arabischen Widerstand.
Im Llibre del Repartiment de Mallorca (Buch der Aufteilung Mallorcas) verfügte Jaume I zwar zunächst, dass die Region um Santanyí dem Grafen Nunó Sanç von Cerdanya und Roussillon (1212 bis 1242) übertragen wurde. Nach dem 1242 eingetretenen Tod Nunó Sançs fielen die Besitztümer aber wieder an Jaume I zurück.
Unter dem Namen „Sancti Aini“ wurde der Ort erstmals 1236/42 in einer Urkunde erwähnt. Später wurde er während des 13. Jahrhunderts auch unter den weiteren Namen „Sancti Ani“, „Sancti Agnini“ und „Sentainí“ urkundlich dokumentiert.
Die Herkunft des Namens wird in der Sprachwissenschaft unterschiedlich interpretiert.
Die von dem Philologen Miquel Dolç i Dolç (1912 bis 1994) herausgegebene Gran Enciclopèdia de Mallorca (Große Enzyklopädie Mallorcas) leitet die Benennung aus dem Arabischen ab. Sie sei aus der Verbindung der arabischen Wörter „sanad (Küste)“ und „an-nawawil (Hütte aus Blättern)“ hervorgegangen. Der Linguist Joan Coromines i Vigneaux (*1905 bis 1997) weist in der Onomasticon Cataloniae (Katalanische Namenskunde) zwar zunächst auf eine Vielzahl von Theorien zur Herkunft des Namens hin, die er nicht im Einzelnen erläutert. Er stellt sodann aber einen Zusammenhang mit der in Porreres verwandten Ortsbezeichnung „Santanix“ her. Der Schriftsteller Francesc de Borja Moll i Casasnovas (*1903 bis 1991) führt die Benennung in Übereinstimmung mit der überwiegenden Meinung in der Sprachwissenschaft auf die christliche Tradition der Insel vor der arabischen Besetzung zurück. Er sieht die lateinischen Wörter „sanctus agnus (Heiliges Schaf) als den Entwicklungsstamm des Namens an.
Heute zeigt das Stadtwappen ein liegendes Schaf.
Die erste Kirche wurde zwischen 1248 und 1265 erbaut.
Die Siedlung wurde 1300 vom mallorquinischen König Jaume II dem Umsichtigen (1276 bis 1311) zur Stadt erhoben.
Als erster Königlicher Bürgermeister wird Ramon Albert in einer aus 1311 stammenden Urkunde erwähnt.
1329 hatte die Stadt etwa 570 Bürger, zu denen noch einige Sklaven hinzukamen. 1427 machte der Anteil der Sklaven an der Bevölkerung etwa 5 Prozent aus.
Das Osmanische Reich verfiel im 16. Jahrhundert in einen wirtschaftlichen Niedergang, der auch zu einem Einflussrückgang im heutigen Marokko, Algerien, Tunesien und Libyen führte. Entlang der nordafrikanischen Küste entwickelten sich mit dem Sultanat Marokko, der Regentschaft Algier, der Regentschaft Tunis und der Regentschaft Tripolis unabhängig handelnde Provinzen des Osmanischen Reichs, die sich immer stärker der staatlich geförderten und betriebenen Piraterie zuwandten. Die als Barbareskenstaaten bezeichneten Machtgebilde stellten große Schiffsverbände auf, die das Mittelmeer, und damit auch die Balearischen Inseln, bis ins 19. Jahrhundert durch Kaperei, Plünderei und Menschenraub in Angst und Schrecken versetzten.
In zahlreichen Angriffen wandten sich die Barbaresken auch gegen Santanyí, das insbesondere 1531 und 1546 überfallen wurde.
Nachdem die Stadt am 3. Oktober 1531 geplündert sowie zweiundfünfzig santanyiners und santanyineres verschleppt worden waren, wurde der Ruf nach einer schützenden Stadtmauer laut. So trug Antoni Desí auch den Corts (Höfe = Parlamentskammern) de Montsó vor, dass die Barbaresken unter dem Kommando des Admirals Sinan Reis des Juden (bis 1546) über die Stadt und ihre Bevölkerung hergefallen seien. Um die Forderung nach einer Befestigung nachdrücklich zu unterstützen, drohten vierzig Familien an, die Stadt ohne den Bau einer Stadtmauer zu verlassen, was die Stadt zur Vermeidung einer Entvölkerung zur Gewährung einer Steuerermäßigung veranlasste.
Gleichwohl wurde dem Appell nicht nachgekommen, sodass 1546 wiederum ein ungeschützter Überfall auf die Stadt erfolgen konnte, bei dem sechsunddreißig santanyiners und santanyineres entführt wurden, für deren Freilassung ein Lösegeld von 2.050 escudos an die Barbaresken gezahlt wurde. Erst auf diese erneute Attacke wurde eine schützende Stadtmauer errichtet, von der heute nur noch die porta (Tür) Murada erhalten ist, deren heutige Gestaltung auf 1571 zurückgeht.
Die Region litt im 19. Jahrhundert unter weitreichender Armut.
Zunächst versuchten viele Bewohner des ländlichen Umfelds, durch einen Umzug in die Stadt eine Verbesserung ihrer Lebensbedingungen herbeizuführen. Während 1825 etwa 4.400 Einwohner in der Stadt lebten, stieg ihre Zahl bis 1845 auf etwa 5.400 Bewohner. Sodann suchten viele Bewohner im Ausland ihr Glück, sodass ab 1860 eine Auswanderungswelle insbesondere in das heutige Algerien einsetzte.
Die wirtschaftlich-sozialen Schwierigkeiten gipfelten 1868 in einem Aufstand. Die unzufriedene Bevölkerung wandte sich gegen die Stadtverwaltung, der sie auch gewalttätig gegenübertrat. Der Brand des Stadtarchivs stellte den zerstörerischen Höhepunkt der Erhebung dar.
Das Rathaus wurde 1897 erbaut.